要点提示：
1.各级国家机关、事业单位和团体组织，使用财政性资金采购集中采购目录以内的或者采购限额标准以上的货物、工程和服务的行为适用政府采购法。
2.采购代理机构未按照法定程序开展采购活动的，将承担相应法律责任。
【案情概述】
20××年7月，Y招标公司接受采购人委托，就该单位“某系统建设项目”组织公开招标工作。7月10日，Y招标公司在中国政府采购网上发布了招标公告。7月15日，A公司认为招标文件中存在歧视性条款，向Y招标公司提出质疑。7月16日，Y招标公司答复质疑。A公司对质疑答复不满，向财政部门提出投诉。8月7日，Y招标公司在中国政府采购网发布了中标公告。
【调查情况】
财政部门调取了本项目的招标文件、投标文件和评标报告等资料。在调查过程中发现，本项目是行政机关使用财政性资金采购货物，预算金额为1200万元，属于政府采购，应当适用《中华人民共和国政府采购法》及相关规定，但Y招标公司未按照《中华人民共和国政府采购法》规定的程序开展采购活动，适用法律错误。对此，财政部门依法启动监督检查程序。
Y招标公司称，在其与采购人沟通过程中，因公司代表理解错误，导致其按照招标投标法的规定和程序进行本项目招标工作，公司并非故意规避政府采购法及其实施条例的规定。
财政部门在进一步调查中查明：20××年10月，本项目可行性研究报告的批复文件中记载：“资金来源：全部由中央投资安排解决”。随后，采购人与Y招标公司沟通项目具体情况，并将本项目批文提供给Y招标公司。
【问题分析与处理情况】
本案反映了代理机构在开展属于国家机关使用财政性资金采购货物的政府采购活动中，未按照《中华人民共和国政府采购法》、《中华人民共和国政府采购法实施条例》及相关政府采购政策的规定进行的问题。
《中华人民共和国政府采购法》第二条规定“在中华人民共和国境内进行的政府采购适用本法。本法所称政府采购，是指各级国家机关、事业单位和团体组织，使用财政性资金采购依法制定的集中采购目录以内的或者采购限额标准以上的货物、工程和服务的行为”。
本案中，虽然Y招标公司称，因公司代表理解错误，导致其未按照政府采购法规定组织招标工作。但根据项目批文中的规定，可明显判断出本项目所用资金为财政性资金，已经达到政府采购的限额标准，且Y招标公司作为专业从事政府采购的代理机构，应当知道本项目须按照政府采购法及其实施条例规定开展采购活动。
综上，财政部门做出处理决定如下：本项目适用法律错误，采购程序违法。根据《中华人民共和国政府采购法》第三十六条、《政府采购供应商投诉处理办法》（财政部令第20号）第十九条的规定，责令采购人重新开展采购活动。根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第六十八条的规定，责令采购人对未按政府采购法及其实施条例的规定组织采购活动的行为进行整改。
根据《中华人民共和国政府采购法》第七十一条、第七十八条及《中华人民共和国政府采购法实施条例》第六十八条的规定，对Y招标公司未按政府采购法及其实施条例的规定组织采购活动的行为作出罚款，一年内禁止其代理政府采购业务的行政处罚。